Javna ustanova za upravljanje zaštićenim dijelovima prirode na području Koprivničko-križevačke županije sa sjedištem u Koprivnici, Florijanski trg 4/II, osnovana je temeljem članka 130. stavka 3. Zakona o zaštiti prirode („Narodne novine‟ broj 80/13.) i članka 12. stavka 3. Zakona o ustanovama („Narodne novine‟ broj 76/93, 29/97, 47/99 i 35/08.), Odlukom županijske skupštine Koprivničko-križevačke županije o osnivanju Javne ustanove za upravljanje zaštićenim dijelovima prirode na području Koprivničko-križevačke županije („Službeni glasnik Koprivničko-križevačke županije‟ broj 16/96, 1/05, 10/05, 12/05 – pročišćen tekst, 12/09, 9/12 i 3/14.). Upisana je u sudski registar kod Trgovačkog suda u Bjelovaru 10. prosinca 1997. godine s matičnim brojem subjekta 010036938. Započela je s radom 1. travnja 1998. godine. U skladu s Odlukom o osnivanju Javne ustanove za upravljanje zaštićenim dijelovima prirode na području Koprivničko-križevačke županije u Statutu Javne ustanove za upravljanje zaštićenim dijelovima prirode na području Koprivničko-križevačke županije („Službeni glasnik Koprivničko-križevačke županije‟ broj 2/05, 11/05, 14/05, 18/09, 12/10, 12/12 i 8/14.) uređuju se pitanja važna za rad i djelokrug rada Javne ustanove za upravljanje zaštićenim dijelovima prirode na području Koprivničko-križevačke županije.
Dana 11. ožujka 2005. Županijska skupština Koprivničko-križevačke županije donosi Odluku o izmjenama i dopuni Odluke o osnivanju Javne ustanove za upravljanje zaštićenim dijelovima prirode na području Koprivničko-križevačke županije kojom se mijenja naziv ustanove i usklađuje djelatnost ustanove. Trgovački sud u Bjelovaru dana 01. 12. 2005. izdaje Rješenje da je u sudski registar upisana promjena naziva ustanove iz „Javna ustanova za upravljanje zaštićenim dijelovima prirode na području Koprivničko-križevačke županije‟ u „Javna ustanova za upravljanje zaštićenim prirodnim vrijednostima na području Koprivničko-križevačke županije‟, te ostale promjene.
Dana 4. siječnja 2013. godine Trgovački sud u Varaždinu izdaje Rješenje kojim se u Sudski registar upisuje promjena poslovne adrese Javne ustanove sa sjedištem u Koprivnici, Florijanski trg 4/II.
Dana 9. listopada 2014. godine Trgovački sud u Varaždinu donio je Rješenje kojim se u Sudski registar upisuje promjena naziva Javne ustanove u Javna ustanova za upravljanje zaštićenim dijelovima prirode na području Koprivničko-križevačke županije.
Ustrojstvo, ovlasti, način rada i odlučivanja pojedinih tijela Javne ustanove, te druga pitanja od značenja za obavljanje poslova Javne ustanove pobliže se uređuju Statutom Javne ustanove za upravljanje zaštićenim prirodnim vrijednostima na području Koprivničko-križevačke županije („Službeni glasnik Koprivničko-križevačke županije‟ broj 2/05, 11/05, 14/05, 18/09, 12/10, 12/12 i 8/14.).