U sklopu projekta „Zajedno za očuvanje prirode-organizacije civilnog društva za učinkovitu europsku Natura 2000 mrežu u Hrvatskoj čiji je cilj uspostavljanje kvalitetnog sustava upravljanja zaštićenim područjima i izrada kvalitetnih planova upravljanja zaštićenim područjima u čijem će provođenju sudjelovati svi sektori, dana 30. listopada 2013. godine u Zagrebu je održan nacionalni seminar pod nazivom „Izazovi i mogućnosti upravljanja Natura 2000 mrežom u Hrvatskoj”.
Uz predstavnike Ministarstva zaštite okoliša i prirode, Državnog zavoda za zaštitu prirode, institucija i organizacija civilnog društva koje djeluju u sektoru zaštite prirode, seminaru su prisustvovali i predstavnici Javnih ustanova za zaštitu prirode iz cijele Hrvatske a iz Javne ustanove za upravljanje zaštićenim prirodnim vrijednostima na području Koprivničko-križevačke županije na seminaru je sudjelovala Željka Kolar.
Iz Ministarstva zaštite okoliša i prirode Ivana Jelenić načelnica Odjela za biološku raznolikost održala je predavanje na temu Zakonodavni okvir za upravljanje Naturom 2000 i financiranje. Napomenula je da temeljni zakonodavni okvir Nature 2000 čine dvije direktive, Direktiva o pticama i Direktiva o zaštiti prirodnih staništa i divlje faune i flore. U Naturi 2000 nalazi se više od 26 000 europski značajnih područja, koja zauzimaju 17,9% kopnenog dijela teritorija. U svom izlaganju također je ukazala na činjenicu da je Hrvatska u europsku ekološku mrežu predložila 780 područja, odnosno 742 pSCI područja (područja od značaja za zajednicu- područja važna za divlje svojte i stanišne tipove) i 38 SPA područja (područja posebne zaštite- područja važna za ptice) te da ta područja zauzimaju 29,4% teritorija RH. Iz istog ministarstva Andreja Markovinović predstavila je iskustva i rezultate projekta IPA 2009 NATURA MANMON koji se u Hrvatskoj provodio u sklopu IPA programa od listopada 2011. do travnja 2013.godine, a u okviru njega izrađeni su planovi upravljanja za 6 odabranih Natura 2000 područja (Spačvanski bazen, Odransko polje, Snježnica i Konavosko polje, Pregon, Bulji i Sutla). Također je održano niz radionica identifikacijskog monitoringa za 24 vrste i 3 stanišna tipa.
Predstavnica Državnog zavoda za zaštitu prirode Katja Jelić predstavila je mogućnosti upravljanja Naturom 2000 kroz sektorske planove. Upozorila je na činjenicu da će svi sektorski planovi gospodarenja morati će sadržavati uvjete zaštite prirode, a ukoliko se radi o gospodarenju u Natura 2000 području morati će imati utvrđene mjere očuvanja, ocjene prihvatljivosti zahvata u području te provoditi monitoring područja, na temelju kojeg će se izrađivati izvješća za Europsku komisiju. Spomenute su i agro-okolišne mjere koje će biti ugrađene u Program ruralnog razvoja, s obzirom da su poljoprivredne površine, koje zauzimaju 30% površine Nature 2000 u Hrvatskoj, područja visoke biološke raznolikosti. Projekt koji je primjer dobre suradnje lokalne zajednice i nevladine udruge, odnosno primjer alternativnog načina upravljanja vrijednim prirodnim područjima s ciljem očuvanja i zaštite biološke raznolikosti, kulturnog i prirodnog naslijeđa predstavila je Iris Beneš iz Brodskog ekološkog društva (BED) upoznala je sve sudionike sa projektom Gajna u Brodsko-posavskoj županiji.
Milena Šijan iz Udruge Sunce prezentirala je iskustvo izrade planova upravljanja zaštićenih područja i uloga organizacija civilnog društva. Napomenula je da Organizacije civilnog društva u zaštiti prirode aktivno doprinose procesu uključivanja Hrvatske u Natura 2000 mrežu kroz praćenje stanja, sudjelovanje u konzultacijskim procesima izrade zakonskih i podzakonskih akata, studija utjecaja na okoliš, planova upravljanja, poticanja međusektorske suradnje te informiranja i podizanja svijesti dionika i šire javnosti.
Primjere europskih modela upravljanja Natura 2000 područjima prezentirala je Sarolta Tripolszky iz CEEweb-a (Mreža nevladinih organizacija središnje i istočne Europe), a primjer upravljanja Natura 2000 područjem predstavio je Jan Šeffer iz Instituta za primijenjenu ekologiju (DAPHNE).
Temeljem održanih predavanja i prezentacija zaključeno je da je cilj Nature 2000 je održivi razvoj čovjeka i prirode. Financiranje Nature 2000 u najvećem postotku biti će kroz operativne programe; Kohezijsku politiku, Zajedničku agrarnu politiku, LIFE programe, Europski fond za regionalni razvoj, Europski fond za pomorstvo i ribarstvo, a uloge županijskih Javnih ustanova za zaštitu prirode biti će obavljanje nadzora, edukacije, sudjelovanje u monitoringu te izrada planova upravljanja za Natura područja na njihovom području upravljanja.