Na svojoj sjednici održanoj 26. rujna 2013. godine Vlada Republike Hrvatske donijela je Uredbu o ekološkoj mreži kojom se proglašava ekološka mreža Republike Hrvatske, ujedno i ekološka mreža Natura 2000. Tom Uredbom se za svako pojedino područje ekološke mreže utvrđuju ciljne vrste i stanišni tipovi radi kojih se uspostavlja to područje ekološke mreže te se utvrđuje kartografski prikaz područja ekološke mreže. Ona definira i kriterije temeljem kojih se utvrđuju područja ekološke mreže. To su područja značajna za očuvanje ptica temeljem Direktive o očuvanju divljih ptica i područja značajna kao stanišni tipovi utvrđeni temeljem Direktive o zaštiti prirodnih staništa i divljih biljnih i životinjskih vrsta.
Osim toga Uredba utvrđuje i referentni popis vrsta i stanišnih tipova, odnosno, popis vrsta i stanišnih tipova prisutnih na teritoriju Republike Hrvatske radi kojih izdvaja područje ekološke mreže Natura 2000. Odmah po njenom donošenju, Republika Hrvatska obavezna je Europskoj komisiji dostaviti bazu podataka o područjima ekološke mreže Natura 2000. Njenim stupanjem na snagu prestaje važiti Uredba o proglašenju ekološke mreže iz 2007. godine.
Ekološka mreža Natura 2000 proglašena Uredbom obuhvaća 37% kopnenog teritorija RH i 16% obalnog mora, odnosno 29% ukupnog teritorija RH. Sastoji se od 38 područja značajnih za ptice te 742 područja značajna za ostale vrste i stanišne tipove. Obuhvaćena su područja za koja su propisani mehanizmi postupanja koji su još Zakonom o zaštiti prirode iz 2005. godine bili preneseni u zakonodavstvo RH, primjerice Ocjena prihvatljivosti za ekološku mrežu.
Prema riječima zamjenika ministra zaštite okoliša i prirode Hrvoja Dokoze donošenjem Uredbe o ekološkoj mreži kojom se proglašava ekološka mreža Republike Hrvatske, ujedno i ekološka mreža Natura 2000 „… Hrvatska će ispuniti jednu od najznačajnijih i najzahtjevnijih obveza iz pristupnih pregovora u području zaštite prirode. Njome se, naime, proglašavaju područja koja će postati sastavni dio europske ekološke mreže Natura 2000″.